Исследование филогенетического дерева семейства глобинов, PF00042,из таксонов Strepsirhini, Callitrichidae.

1. Составление выборки аминокислотных последовательностей

С помощью SRS в БД UniProt были найдены аминокислотные последовательности, соответствующие заданной выборке. Результат поиска был отфильтрован (удалены короткие фрагменты и белки, принадлежащие другому подвиду организма). Аминокислотные последовательности были сохранены в формате FASTA2Seq:
выборка

Cозданный текстовой файл с перечнем организмов выборки:
taxon_names.txt

2. Построение филогенетического дерева

Множественное выравнивание последовательностей выборки с помощью программы emma:
result

Реконструированное филогенетическое дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining) с помощью программы eneighbor: скобочная формула

Изображение дерева было получено с помощью программы GeneMaster:

Жирным шрифтом с подчеркиванием выделены ветви и вершины внешней группы.

3. Построение таксономического дерева

На сайте NCBI было построено таксономическое дерево по списку названий организмов.
Таксономическое дерево:

4. Анализ дерева

Наиболее вероятные пары ортологов выделены разными цветами. Паралоги выделены подчеркнутым шрифтом. Ортологами выбирались белки, принадлежещие разным видам и имеющие общего предка. Паралогами — принадлежащие одному виду (то есть возникшие в результате дупликации гена в предковом организме).

На главную страницу четвертого семестра